Pada mulanya urusan Pengelolaan Pendapatan Daerah berada dalam koordinasi Biro Keuangan (Sekretariat Daerah),  dan dilaksanakan oleh Seksi pajak yang merupakan salah satu Bagian pada Biro Keuangan (sekretariat) Provinsi Kalimantan Timur, kemudian dalam perkembangan selanjutnya seksi pajak diganti  menjadi Bagian Pajak.

Peraturan yang menjadi dasar hukum untuk dapat menggali pendapatan daerah  hanya dari pengurusan mess daerah  dan Pungutan pajak rumah tangga , namun dengan kondisi Kalimantan Timur yang wilayahnya luas dan penduduknya yang masih jarang , untuk dapat memungut pajak rumah tangga bukanlah  hal yang mudah, dengan tenaga dan sarana yang masih sangat terbatas.

Pada Tahun 1964 diterbitkan Peraturan Daerah yang menjadi landasan yuridis bagi bagian Pajak untuk  menggali pendapatan daerah melalui Bank Pembangunan Daerah (BPD), kemudian baru pada tahun 1968, ada kewenangan baru yakni menggali Pendapatan Daerah dari  Tanda Pajak Kendaraan Bermotor (penning) dan Cukai Kayu Hasil Hutan . Sedangkan pungutan Pajak Kendaraan Bermotor (PKB) dilaksanakan pada tahun 1969, setelah ada perubahan pada Peraturan Daerah tahun 1968, sehingga tidak lagi hanya memungut penning  tapi juga Pajak Kendaraan Bermotornya. Disamping itu pada tahun 1969  ada juga perubahan dasar hukum  untuk memungut Cukai Hasil Hutan  menjadi  menjadi Pungutan Hasil Produksi yang diantar pulaukan  dan retribusi perijinan penangkapan ikan laut diwilayah perairan kalimantan Timur.

Perubahan terus dilakukan dengan diterbitkannya Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Propinsi Kalimantan Timur, nomor 69 Tahun 1973  tanggal 31 Maret 1973 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pajak dan Pendapatan Daerah Propinsi Kalimantan Timur , yang mengacu pada  Surat Menteri Dalam Negeri  Nomor SD.19/14/44 tertanggal  9 Desember  1972 , kedudukannya ditingkatkan lagi menjadi Dinas Pajak dan Pendapatan Daerah Propinsi Kalimantan timur dengan tugas melaksanakan segala usaha dan kegiatan dibidang pemasukan pajak dan pendapatan daerah yang terdiri dari : Bagian Umum, bagian Perpajakan, Bagian Pendapatan , Bagian Penghasilan perkayuan  dan  bagian wilayah.

Dinas Pajak dan Pendapatan Daerah mempunyai tiga bagian wilayah yang terdiri dari bagian wilayah Kutai dan Samarinda berkedudukan di Samarinda, Bagian Wilayah Pasir dan Balikpapan berkedudukan di Balikpapan, dan  Bagian Wilayah Berau dan Bulungan berkedudukan di Tarakan dengan tugas membantu kepala Dinas Pajak dan Pendapatan Daerah dalam menyelenggarakan segala usaha dan kegiatan  dibidang pemasukan pajak dan pendapatan Daerah didalam lingkungan wilayah masing-masing.

Kemudian dikukuhkan dengan Peraturan Daerah Tingkat I Kalimantan Timur Nomor 3 Tahun 1975 tentang Penetapan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Propinsi Kalimantan Timur Nomor 69 Tahun 1973 tentang Susunan Organisasi  dan Tata Kerja Dinas Pajak dan Pendapatan Daerah , dengan wewenang pemungutan yang bertambah  selain Iuran Televisi dan pungutan Pengusahaan Hasil Perikanan, ditambah dengan retribusi dari usaha pertambangan yaitu Golongan C dan pungutan Bea Balik Nama Kendaraan Bermotor.

Selanjutnya pada tahun 1978, diadakan lagi perubahan susunan organisasi dan tata kerja Dinas Pajak dan Pendapatan Daerah,  yang didasarkan pada surat Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor KPUD.7/7/39-26 tanggal 31 Maret 1978, ditetapkan kembali Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur Nomor  360 Tahun 1978 tanggal 15 Nopember 1978, tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pendapatan Daerah Provinsi Daerah Tingkat I Kalimantan Timur oleh Gubernur KDH Tingkat I Kalimantan Timur yaitu Bapak Ery Soepardjan .

Nama Dinas dikukuhkan menjadi Dinas  Pendapatan Daerah atau disingkat Dipenda.  Dengan tugas pokok antara lain memimpin dan mengkoordinir seluruh usaha dibidang pungutan dan Pendapatan Daerah berdasarkan ketentuan baik yang digariskan pemerintah Pusat maupun Pemerintah Daerah.

Semakin lama Tugas pokok dan fungsi Dipenda semakin bertambah, hal tersebut diperkuat dengan diterbitkannya  Surat Keputusan  Gubernur No. 3 Tahun 2001 tanggal 24 April 2001 , dipenda mempunyai 5 (lima) fungsi yaitu (1) Penyusunan kebijakan teknis di bidang Pendapatan, (2) Pelaksanaan Pelayanan umum lintas kabupaten/kota, (3) Pembinaan Teknis di bidang Pendapatan, (4) Pembinaan Unit Pelaksana Teknis Dinas Pendapatan Daerah, dan (5) Pengelolaan urusan Tata Usaha Dinas. Setahap demi setahap,  Dispenda Provinsi Kalimantan Timur, kini memiliki peran dan posisi yang sangat  penting  dan strategis, seiring dengan tuntutan jaman , fungsi dan tugasnya pun bertambah berat. Kemudian diterbitkan Peraturan Daerah  Nomor 08 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah,  Dinas Pendapatan merupakan unsur pelaksana urusan pemerintahan di bidang pendapatan daerah  dan mempunyai Tugas Pokok melaksanakan urusan pemerintahan daerah di bidang pajak daerah, retribusi dan pendapatan lain-lain, dana perimbangan, perencanaan, pembinaan dan pengawasan pendapatan.

Pada Tahun 2016 diterbitkan Peraturan Daerah Provinsi Kalimantan Timur  Nomor 09 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, Dinas Pendapatan Daerah Provinsi Kalimantan Timur berubah menjadi Badan Pendapatan Daerah Provinsi Kalimantan Timur yang melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan bidang keuangan.